Der Rat bildet die institutionelle Mitte der Akademie und wird vom Präsidenten geleitet. Im Zentrum seiner Aufgaben steht die wissenschaftliche Arbeit der Akademie. Ihm gehören an: die Mitglieder des Vorstandes, bis zu fünfzehn von der Versammlung auf Vorschlag der Klasse gewählte wissenschaftliche Mitglieder, die Sprecher der interdisziplinären Arbeitsgruppen und Initiativen, bis zu vier aus dem Kreis der für die Betreuung von langfristigen wissenschaftlichen Vorhaben verantwortliche Mitglieder sowie die akademiepolitischen Berichterstatter und die Sprecher/-innen der wissenschaftlichen Mitarbeiter/-innen jeweils mit beratender Stimme.
Der Rat entscheidet über das wissenschaftliche Arbeitsprogramm der Akademie und über wissenschaftliche Grundsatzangelegenheiten. Dazu gehören:
Jutta Allmendinger, Ralph Bock, Eva Cancik-Kirschbaum, Holger Dobbek, Olaf Dössel, Matthias Drieß, Thomas Elsässer, Julia Fischer, Annette Grüters-Kieslich, Peter Hegemann, Bernd Hillemeier, Bernhard Jussen, Thomas G. Kirsch, Wolfgang Knöbl, Martin Korte, Gudrun Krämer, Michaela Kreyenfeld, Ulrike Kuhlmann, Max Löhning, Hans Jürgen Maier, Philip Manow, Christoph Markschies (Vorsitzender), Birgit Meyer, Christoph Möllers, Julian Nida-Rümelin, Tonio Sebastian Richter, Dagmar Schäfer, Dörte Schmidt, Andreas Seidel-Morgenstern, Britta Siegmund, Thomas Sikora, Matthias Steinmetz, Markus Stommel, Anita Traninger, Markus Willaschek, Michael Zürn
Andreas Seidel-Morgenstern, Christine Windbichler