Dem Ausschuss Akademienvorhaben gehören an: je ein Vertreter der Klassen, bis zu fünf Vertreter der Mitglieder der Betreuungskommissionen, die Leiter der Zentren sowie der Vertreter der Akademie in der wissenschaftlichen Kommission der Union der deutschen Akademien der Wissenschaften. Ein/e Sprecher/in der wissenschaftlichen Mitarbeiter/innen nimmt mit beratender Stimme an den Sitzungen teil. Dem Ausschuss obliegen die Vorbereitung von Entscheidungen zur Einrichtung, Verlängerung und Beendigung von Langzeitvorhaben sowie die inhaltliche und organisatorische Ausgestaltung der Leitungsverantwortung und des Betreuungssystems für die Langzeitvorhaben.
Friedhelm von Blanckenburg, Eva Cancik-Kirschbaum (Vorsitzende), Eva Geulen, Irmela Hijiya-Kirschnereit, Bernhard Jussen, Thomas G. Kirsch, Eberhard Knobloch, Christoph Markschies, Klaus Petermann, Hans-Jörg Rheinberger, Tonio Sebastian Richter, Dörte Schmidt, Angelika Storrer (kommissarisch), Marcus Willaschek
Ulrike Jansen, Ulrich Päßler (mit beratender Stimme)