Der Rat bildet die institutionelle Mitte der Akademie und wird vom Präsidenten geleitet. Im Zentrum seiner Aufgaben steht die wissenschaftliche Arbeit der Akademie. Ihm gehören an: die Mitglieder des Vorstandes, bis zu fünfzehn von der Versammlung auf Vorschlag der Klasse gewählte wissenschaftliche Mitglieder, die Sprecher der interdisziplinären Arbeitsgruppen und Initiativen, bis zu vier aus dem Kreis der für die Betreuung von langfristigen wissenschaftlichen Vorhaben verantwortliche Mitglieder sowie die akademiepolitischen Berichterstatter und die Sprecher/-innen der wissenschaftlichen Mitarbeiter/-innen jeweils mit beratender Stimme.
Der Rat diskutiert alle wichtigen Fragen der Strategie der Akademie, ihrer verschiedenen Arbeitsfelder und ihres Forschungsprofils. Er entscheidet über das wissenschaftliche Arbeitsprogramm der Akademie und über wissenschaftliche Grundsatzangelegenheiten. Dazu gehören:
Barbara Albert, Ralph Bock, Eva Cancik-Kirschbaum, Holger Dobbek, Matthias Drieß, Thomas Elsässer, Ottmar Ette, Julia Fischer, Eva Geulen, Annette Grüters-Kieslich, Bernd Hillemeier, Katharina Holzinger, Bernhard Jussen, Thomas G. Kirsch, Martin Korte, Michaela Kreyenfeld, Dorothea Kübler, Ulrike Kuhlmann, Gitta Kutyniok, Hans Jürgen Maier, Christoph Markschies (Vorsitzender), Tonio Sebastian Richter, Dagmar Schäfer, Tobias Schäffter, Andreas Seidel-Morgenstern, Thomas Sikora, Matthias Steinmetz, Markus Stommel, Anita Traninger, Viola Vogel, Gerhard Wagner, Michael Zürn
Ortwin Renn, Christine Windbichler